Le combat contre Zero, le maître des Oracion Seis, fait rage. Les membres de l’Alliance des guildes doivent unifier leurs forces pour le vaincre. Mais la joie de la victoire est de courte durée, les forces du Conseil de la magie faisant arrêter Hot-Eye et Gerald pour qu’ils répondent de leurs actes devant la justice. La menace du Nirvana ayant disparu, chacun retourne chez lui, dans sa guilde. Ou, le cas échéant, en rejoint une nouvelle. Mais l’arrivée de nouveaux éléments, tout comme le retour de certains après une longue absence, n’est pas forcément de bon augure ni sans conséquences.
La guilde des Cait Shelter rassemble les descendants des Nirvits, le people qui a créé le nirvana… Les Oracion Seis s’opposent à ces derniers pour éviter qu’ils n’enferment de nouveau le nirvana. Pour accomplir ce rêve, Midnight, le plus puissant des Oracion Seis, affronte Erza et Gérald pendant que Natsu, Grey et Lucy sont confrontés à un nouvel Oracion Seis particulièrement violent qui vient tout juste de se réveiller… Les combattants de la lumière parviendront-ils à remporter ce combat sans précédent et à contrer les desseins des forces des ténèbres ?